বাংলাদেশের নিভৃত পল্লীর জনগণসহ আপামর জনগোষ্ঠীর দোরগোড়ায় স্বাস্থ্য ও পরিবার পরিকল্পনা অবকাঠামোগত সুযোগ সুবিধা তথা স্বাস্থ্য সেবা পৌঁছে দেয়ার জন্য স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের স্বাস্থ্য উইং এর অধীনে ১৯৭৪ বিল্ডিং প্ল্যানিং এন্ড ডিজাইন ইউনিট (বিপিডিইউ) এবং পরিবার পরিকল্পনা উইং এর অধীনে ১৯৭৯ সালে কনষ্ট্রাকশন ম্যানেজমেন্ট সেল (সিএমসি) নামে দুটি ইঞ্জিনিয়ারিং ইউনিট/সেল গঠন করা হয়। পরবর্তীতে ৪র্থ জনসংখ্যা এবং স্বাস্থ্য প্রকল্পের আওতায় ১৯৯১ সালে প্রকল্প বাস্তবায়নে স্বচ্ছতা, জবাবদিহিতা, গতিশীলতা ও আর্থিক শৃঙ্খলা নিশ্চিতকরণের লক্ষ্যে বিপিডিইউ এবং সিএমসি’কে একীভূত করে নির্মাণ ও রক্ষণাবেক্ষণ ব্যবস্থাপনা ইউনিট (সিএমএমইউ) শীর্ষক প্রকল্প প্রতিষ্ঠা করা হয়। পরবর্তীতে ০১/০১/১৯৯৭ খ্রিঃ তারিখ হতে সিএমএমইউ এর ৩৮৬ টি পদ রাজস্বখাতে স্থানান্তরিত হয়।

মন্ত্রণালয়ের ভৌত অবকাঠামো নির্মাণ, রক্ষণাবেক্ষণ ও মেরামতের কর্মপরিধি বহুগুণ বৃদ্ধি পাওয়ায় এবং প্রকল্প বাস্তবায়নে স্বচ্ছতা, জবাবদিহিতা ও কাজে গতিশীলতা আনয়নের স্বার্থে এবং সরকারের স্বল্প ও দীর্ঘ মেয়াদী পরিকল্পনা বাস্তবায়নের লক্ষ্যে স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের প্রস্তাবে সংস্থাপন মন্ত্রণালয় (বর্তমান জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়), অর্থ মন্ত্রণালয় এবং সচিব কমিটির সুপারিশের প্রেক্ষিতে স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের স্মারক নং-স্বাপকম/নির্মাণ/HED-২৭/০৩ (অংশ)/১০২, তারিখঃ ২২ মার্চ, ২০১০ এর মাধ্যমে সরকারের সিদ্ধান্তের আলোকে মন্ত্রণালয়ের অধীন নির্মাণ ও রক্ষণাবেক্ষণ ব্যবস্থাপনা ইউনিট (সিএমএমইউ) কে সংযুক্ত দপ্তর (Attached Department) হিসাবে স্বাস্থ্য প্রকৌশল অধিদপ্তর বা Health Engineering Department (HED) এ উন্নীত করা হয়।

এইচইডি এর উপর অর্পিত দায়িত্ব অনুযায়ী কাজের পরিধি ক্রমান্নয়ে বৃদ্ধি পাওয়ায় স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সুপারিশের প্রেক্ষিতে স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যাণ মন্ত্রণালয়ের প্রস্তাবে জনপ্রশাসন মন্ত্রলালয়, অর্থ মন্ত্রণালয় ও প্রশাসনিক উন্নয়ন সংক্রান্ত সচিব কমিটির কর্তৃক অনুমোদন এবং অন্যান্য আনুষ্ঠানিকতা পালন পূর্বক স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যান মন্ত্রণালয়ের নির্মাণ শাখা কর্তৃক ২৩/১২/২০১৮ খ্রিঃ তারিখ ৪৫.০০.০০০০.১৫৬.১৫.০৫৭.১৮-৭৩২ নং স্মারকের মাধ্যমে স্বাস্থ্য ও পরিবার কল্যান মন্ত্রণালয়ের স্বাস্থ্য সেবা বিভাগাধীন স্বাস্থ্য প্রকৌশল অধিদপ্তরের বিদ্যমান ৬১৯ টি পদের অতিরিক্ত ৪২৪ টি পদের সৃজন করা হয়। বর্তমানে স্বাস্থ্য প্রকৌশল অধিদপ্তরের মোট পদের সংখ্যা ১০৪৩।